כנישתא משמעה כניסה, אך היא הפכה לשם נרדף לבית כנסת;[1] מדרתא פירושו מורָד, ומכאן האפשרות שהיה זה בית כנסת הבנוי במדרון[2]. לפי הפני משה הכוונה בשער העיר.
הסבר אחר מקשר את בית הכנסת למרד הגדול, ולפיו יצא ממנו האות הראשון למרד בזמנו של הקיסר נירון[3]. בשל כך נקרא בשיכול אותיות 'כנשתא דמרדותא'[4].
[1] ערוך השלם ד', ערך 'כנש', עמ' 264; סוקולוף, ערך 'כנישתה', עמ' 263;
[2] ערוך השלם ה', ערך 'מרד', עמ' 243.
[3] יוסף בן מתתיהו, תולדות מלחמות היהודים, עמ' קלא – קלה.
[4] פ' נאמן, אנציקלופדיה לגאוגרפיה תלמודית ב', ערך 'קיסריה', עמ' 392.